Saison 9

Le Docteur retrouve Clara lorsqu'il est attaqué par un crabe des rêves, qui le fait rêver qu'ils rencontrent le Père Noël. Après s'être réveillé de ce cauchemar, il part la chercher et lui propose de revenir, ce qu'elle fait (Last Christmas).

C'est un Docteur peu sûr de lui et perdu qui apparaît au début de la saison 9. Persuadé qu'il va mourir après avoir été convoqué par rien de moins que Davros, il envoie son Journal de Confessions, l'équivalent d'un testament humain, à la personne en qui il a le plus confiance, et il s'avère qu'il s'agit de Missy, bien en vie. Celle-ci vient chercher Clara par des moyens peu conventionnels, et elles partent sauver le Docteur (9.01 et 9.02). Le trio fait face à Davros, de retour sur Skaro. Le Docteur sort secoué de cette aventure, où est ressortie sa fragilité et sa hantise d'être quelqu'un de mauvais. Il y avoue son besoin de garder une apparence froide pour protéger les autres d'avoir à le faire.

Il fait face à sa propre mort dans le double épisode Under the lake/Before the flood (9.03-9.04), ne l'en empêchant que par un retour dans le temps lors duquel est montré clairement son attachement à Clara.

Tout le long de la saison, il s'inquiète beaucoup de l'attitude de cette dernière, qui semble renier le deuil de son petit-ami décédé en cherchant encore et toujours plus d’adrénaline. Elle commence à se transformer en un lui déformé et cela ne lui plaît pas du tout. Cela donne lieu à de nombreuses disputes entre eux.

C'est dans le double épisode The girl who died/The woman who lived (9.05-906) qu'il reprend pied : il y rencontre Ashildr, une jeune Viking rêveuse qui cherche à protéger son village attaqué par des aliens. Lorsqu'elle meurt, il est dévasté et dans sa douleur, se souvient enfin de la personne qui lui a inspiré son visage, Caecilius, le marbrier qu'il a sauvé de l'éruption du Vésuve (The fires of Pompei, 4.02). Il comprend que ce visage lui a été donné pour qu'il se souvienne de l'essentiel : il est le Docteur, et à ce titre il sauve les gens. Il brise alors les règles en ramenant à la vie Ashildr à l'aide d'une puce médicale appartenant aux aliens qu'il vient de vaincre. La jeune fille est désormais immortelle, car elle sera toujours réparée en cas de blessure.. Sachant qu'elle souffrira de sa solitude, se souvenant de sa propre souffrance et celle de Jack, il lui confie une autre puce à donner à une personne si chère qu'elle ne supporterait pas sa mort. Il ne sait pas s'il a pris ou pas la bonne décision, mais au moins il a écouté ses cœurs. Il garde un œil sur elle, la revoyant plusieurs fois, et l'aide tant bien que mal à se souvenir de son humanité.

[SPOILERS IMPORTANTS FIN DE SAISON]

Ils se retrouvent dans Face the Raven (9.10), où elle le manipule afin qu'il se rende dans une rue de Londres devenue un refuge pour les extraterrestres perdus sur Terre. Elle en est la protectrice et a pour cela besoin que le Docteur se rende dans un lieu qui nous est inconnu en enfilant un bracelet téléporteur. Mais les choses dégénèrent et Clara meurt, laissant un Docteur haineux à son égard. Il n'a cependant pas le temps de se venger car il est téléporté de force dans un château (qui se révèle être son Journal de Confessions) où il est confronté à ses pires peurs.

Il y passe près de 4,5 milliards d'années à parcourir les lieux en boucle, ressassant sa culpabilité de n’avoir pas pu sauver ceux à qui il tenait mais décidé à continuer de se battre. Quand il parvient à sortir de son Journal, il découvre qu'il se trouve sur Gallifrey. Les Seigneurs du temps l'ont torturé pour essayer d'obtenir des informations sur «l'hybride », un être de légende né du mélange de deux races guerrières qui amènerait le chaos sur Gallifrey.

Profondément marqué parce qu'il a subi et la mort de Clara, il laisse libre court à un aspect noir de sa personnalité, profitant de son titre de héros de guerre pour se rallier l'armée de Gallifrey et en destituer les dirigeants. Il profite de son nouveau titre de maître de la planète pour ramener à la vie Clara en allant la chercher quelques secondes avant sa mort, brisant toutes ses règles se faisant, tuant même un officier qui tentait de le stopper. Il s'enfuit ensuite avec elle dans un nouveau TARDIS, mais son action a été vaine : le cœur de Clara ne recommence pas à marcher, elle demeure figée quelques secondes avant sa mort et sa présence impossible menace le temps lui-même. Il est allé trop loin et tous deux le savent. Mais il ne peut se résoudre à la laisser mourir ou être faite prisonnière par les autres Seigneurs du temps qui chercheraient à lui tirer des informations.

Il choisit alors volontairement de l'oublier afin de cesser de chercher à la ramener, et avale pour cela une pilule spéciale. Il erre ensuite un certain temps, avant de rencontrer sans le savoir son ancienne compagne à qui il raconte qu'il a perdu tout souvenir d'une personne extrêmement importante, une personne avec qui il a voyagé et donc il ne souvient que du nom. Il souffre clairement, et Clara tente de l'aider à retrouver la mémoire, en vain.

Elle se débrouille alors pour lui faire retrouver son vrai TARDIS, sur lequel est collé une photo d'elle. Le Docteur rentre dans le vaisseau, le redécouvrant. Il y découvre un message de la jeune femme, profondément symbolique : «Run, you clever boy. And be a doctor». Après avoir enfilé son vrai costume, il obtient un nouveau tournevis sonique du TARDIS.